Nhà Ai Cập học George Andrew Reisner cho rằng Shepseskaf là con của vua Menkaure dựa trên một chiếu chỉ đề cập đến việc Shepseskaf đã hoàn thành việc xây dựng ngôi đền tang lễ của Menkaure. Tuy nhiên điều này không được coi là một bằng chứng đáng tin cậy về mối quan hệ cha con giữa họ bởi vì chiếu chỉ trên đã không đề cập tới mối quan hệ giữa hai vị vua. Hơn nữa, việc một vị pharaon kế vị tiến hành hoàn tất ngôi mộ cho vị tiên vương của ông ta không nhất thiết phải phụ thuộc vào mối quan hệ cha con giữa hai người.[4]

Thân mẫu, những người vợ và con cái của Shepseskaf cũng không được biết rõ. Nếu Menkaure thực sự là cha của ông, thân mẫu của ông có thể là một trong những người vợ hoàng gia của Menkaure, Khamerernebty II hoặc Rekhetre. Có thể một người vợ của Shepseskaf chính là Khentkaus I, nhưng điều này lại không thực sự chắc chắn. Nữ hoàng Bunefer còn được cho là một người vợ khác của Shepseskaf căn cứ theo tước hiệu nữ tư tế của Shepseskaf mà bà nắm giữ. Tuy nhiên, bà cũng có thể là một người con gái của ông và đã phụng sự với vai trò là một nữ tư tế trong việc thờ cúng người cha mình. Cuối cùng, Khamaat, vợ của một quý tộc tên là Ptahshepses và còn là con gái của một vị vua, có thể là con gái của Shepseskaf hoặc Userkaf[5].